Makam Raja-Raja Imogiri memiliki akar sejarah yang dalam, terkait dengan berdirinya Kerajaan Mataram Islam pada abad ke-17. Kompleks makam ini didirikan pada tahun 1645 M oleh Sultan Agung Hanyokrokusumo (memerintah 1613-1645), raja pertama Kerajaan Mataram Islam yang terkenal sebagai penyatuan Jawa dan penyebar Islam di tanah Jawa. Awalnya, Sultan Agung berencana membangun makam di Bukit Giriloyo. Namun, karena Panembahan Juminah (paman Sultan Agung) yang ditugaskan mengawasi pembangunan meninggal dunia dan dimakamkan di sana sebelum makam selesai, Sultan Agung memindahkan lokasi pemakaman pribadinya ke Bukit Merak. Pemilihan lokasi di tempat yang tinggi (Imogiri, dari kata hima/kabut dan giri/gunung) sejalan dengan kepercayaan masyarakat Jawa pra-Islam (Hindu-Buddha) yang memandang tempat tinggi sebagai kediaman arwah leluhur. Sultan Agung sendiri menjadi raja pertama yang dimakamkan di Imogiri pada tahun 1645 Masehi.